于分子对接平台的CAZy酶活性研究文献综述

 2023-02-12 20:20:58

一、研究或解决的问题:探究基因突变后的beta;-1,4-甘露聚糖内切酶的活性位点二、研究手段: 采用同源模建、分子对接的方法,实现对基因突变后的beta;-1,4-甘露聚糖内切酶的活性位点的模拟研究。

三、论文课题研究进度安排:2017年3月01日2017年3月20日 确定选题,查阅文献2017年3月20日2017年3月22日 撰写开题报告2017年3月22日2017年4月01日 进行调查,收集资料,分析2017年4月01日2017年5月15日 进行计算机分析,提交初稿2017年5月15日2017年5月20日 修改论文2017年5月20日2017年5月30日 提交正式毕业设计及相关成果,进行答辩准备四、文献综述:碳水化合物是自然界存在最多、分布最广的一类重要有机化合物,是一切生物体维持生命活动所需能量的主要来源。

各种细菌分解糖类的能力不同,不同条件下,同种细菌代谢糖类的途径不同。

在自然界中,糖类分子构型多样,糖分子之间化学键有多种类型,几乎所有生物大分子都可以被糖基化,因此,作用于各种糖复合物、寡糖和多糖等碳水化合物的酶类就构成了地球上结构最多样的蛋白质集合,亦被定义为碳水化合物活性酶(Carbohydrate-Active enzymes,CAZy),这是一类很重要的酶,其按功能分类主要包括糖苷水解酶类、糖基转移酶类、多糖裂解酶类、糖酯酶类四种。

研究表明,一种酶分子常常可催化一种以及以上类型的反应,即酶分子具有多功能性或非特异性,特别是作用于各种糖类底物的糖苷水解酶类,它们的底物专一性常常都不高。

功能分析时就需要利用多种底物进行功能的测定,这就给酶分子功能的研究带来极大的工作量。

随着高通量测序的发展,新的生物大分子序列数据量也在急剧增加,人们不可能对其每一条序列进行详尽的功能注释,对于多功能性的酶类也没有有效的实验技术为每一条序列进行全部底物与反应性质的验证,这就为新时代酶学研究带来了新的挑战。

碳水化合物酶是一类重要的活性酶,也正是由于CAZy酶在生物体内不可或缺的作用,再加上高通量技术的快速发展,这类酶的研究和应用也显得越来越重要。

针对CAZy酶进行大规模实验筛选是一个大工程,耗时且花费巨大,因此有必要利用计算手段先进行大规模的虚拟筛选,为实验筛选提供理论指导,以降低大规模实验筛选的成本,提高成功率。

虽然结构基因组学的发展为虚拟筛选提供了丰富的数据,但是已知晶体结构的酶只占酶组的一部分。

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